Ջրիմուռների կարևոր բաժիններն են՝ կապտականաչ ջրիմուռներ (Cyanophyta), կանաչ ջրիմուռներ, դեղնականաչ ջրիմուռներ , Դիատոմային ջրիմուռներ , գորշ ջրիմուռներ , կարմիր ջրիմուռներ։ Բացառությամբ կապտականաչ ջրիմուռների, որն ընդգրկված է պրոկարիոտ վերնաթագավորության մեջ, մնացած բաժինների ներկայացուցիչներն ընդգրկված են էուկարիոտների վերնաթագավորության մեջ և ունեն դրանց բնորոշ առանձնահատկությունները՝ բջիջները պարունակում են բոլոր այն կարևոր օրգանոիդները, որոնք բնորոշ են էուկարիոտներին և կարևորը՝ ունեն հստակ ձևավորված կորիզ։